Vlastivědné muzeum v Šumperku je příspěvkovou organizací zřizovanou Olomouckým krajem, který také jeho činnost financuje.
Vlastivědné muzeum v Šumperku, příspěvková organizace, bylo zřízeno na základě zřizovací listiny vydané Olomouckým krajem dne 17. 3. 2003, s platností ke dni 20. 5. 2003. Hlavním účelem jeho činnosti je plnění funkce muzea ve smyslu ust. § 10 odst. 6 zákona č. 22/2000 Sb., o ochraně sbírek muzejní povahy a o změně některých dalších zákonů, tj. získávat, shromažďovat, trvale uchovávat, evidovat, odborně zpracovávat a zpřístupňovat veřejnosti sbírky muzejní povahy.
Vlastivědné muzeum v Šumperku je zapsáno v obchodním rejstříku vedeném u Krajského soudu v Ostravě, oddíl Pr, vložka 780, se sídlem Šumperk, Hlavní třída 342/22. Je právnickou osobou a vystupuje v právních vztazích svým jménem a nese zodpovědnost z těchto vztahů vyplývající.
Počátky činnosti muzea jako organizace spravující území většího regionu lze hledat v roce 1954, kdy muzeum v Šumperku přešlo ze správy města pod ONV a stalo se Okresním vlastivědným muzeem (OVM). Důležitým předpokladem plnění muzejních úkolů byla spolupráce s Krajským vlastivědným muzeem v Olomouci, které bylo odborným metodickým střediskem pro Olomoucký kraj. V roce 1960 se muzeum stalo spoluvydavatelem vlastivědného sborníku Severní Morava. Po územní a správní reorganizaci v roce 1960 došlo ke sloučení muzeí v novém šumperském okrese a k OVM se postupně připojila muzea v Jeseníku, v Lošticích, Mohelnici a Zábřehu, což byla doposud samostatná městská muzea. Navíc přešly do správy OVM také instalované objekty na území okresu – zámek Jánský Vrch v Javorníku, lovecko-lesnické muzeum na zámku v Úsově a zámek ve Velkých Losinách.
V lednu 1962 vzniklo Okresní vlastivědné středisko v Šumperku, které převzalo veškeré úkoly muzea, ovšem jeho pracovníci kromě vlastní muzejní práce poskytovali i metodickou pomoc kronikářům, vedli evidenci o stavu kronik a zajišťovali také agendu ochrany přírody. Nově zřízená Skupina pro údržbu památek byla prohlášena za experimentální pracoviště státní památkové péče. V roce 1963 byla organizace přejmenována na Vlastivědný ústav v Šumperku a pod vedením ředitele Jiřího Filipa byly prováděny stavební úpravy Pavlínina dvora. V roce 1978 došlo k formálnímu přejmenování na Okresní vlastivědné muzeum v Šumperku.
Po roce 1989 proběhly zásadní změny. V rámci osamostatnění okresu Jeseník k 1. 1. 1996 se od OVM oddělilo muzeum v Jeseníku i zámek Jánský Vrch v Javorníku. V roce 2002 byl zámek ve Velkých Losinách delimitován do správy Národního památkového ústavu v Praze. V souvislosti se zánikem okresních úřadů přešlo k 1. 1. 2003 Okresní vlastivědné muzeum v Šumperku do majetku Olomouckého kraje a dosavadní název se změnil na Vlastivědné muzeum v Šumperku, příspěvkovou organizaci. Pod správu Vlastivědného muzea v Šumperku patří kromě Muzea Šumperk i Muzeum Mohelnice a Muzeum Zábřeh, Památník Adolfa Kašpara v Lošticích a Lovecko-lesnické muzeum na zámku v Úsově.
